El presbiterio del santuario, todo él decorado, presenta dos zonas claramente diferenciadas, la primera, recta, que es la continuación de la nave central y la segunda el ábside semicircular, que es de menor anchura que la nave y que a su vez se divide en dos partes principales separadas por el entablamento: la superior, ocupada básicamente por la bóveda absidal y la inferior o cilíndrica.
Las pinturas murales del ábside fueron realizadas al fresco por el pintor Francisco Labarta planas, que en ese momento era profesor de la Facultad de Bellas Artes de Barcelona.
La bóveda absidal muestra una impresionante composición pictórica al fresco estructurada en tres pisos a partir de un eje vertical, que es la bisectriz de un triángulo isósceles que forma el centro ideológico de la representación, que pretende ofrecer un sencillo a la vez que trascendente mensaje (el significado del título de Nuestra Señora por su intervención cerca del Corazón de Jesús para alcanzarnos las gracias), en el que, con el protagonismo básico de la Santísima Trinidad, se combinan diversos personajes relacionados con la advocación del Santuario, la Congregación de los Misioneros del Sagrado Corazón, el Colegio San Miguel y su claustro.
El eje central (la bisectriz del triángulo) de arriba a abajo está formado por Dios Padre, el Espíritu Santo, el Hijo y el arcángel San Miguel, pero el triángulo lo completan las figuras de la Virgen María y de San José, que algo por debajo flanquean a Cristo.
El superior o supra celestial tiene dos únicos protagonistas: Dios Padre y el Espíritu Santo, el intermedio engloba al Hijo, María, José y otros muchos santos y personajes del Antiguo Testamento y el inferior muestra tres zonas, las extremas, donde se representan personajes vivos, las intermedias, donde aparecen moribundos o difuntos en bazos de clérigos y personas piadosas y la central que reproduce el purgatorio, en el que la figura de San Miguel centra la composición.
En el cielo, entre múltiples ángeles y putti (cabecitas de ángeles con alas) se muestran una parte de los salvados, con un protagonismo especial para san Juan Bautista y San Francisco de Asís.
En el lado derecho de Cristo destaca la figura de san Juan Bautista por delante de una serie de otros santos y destacados personajes del Antiguo Testamento, entre los que son reconocibles Moisés (símbolo de la ley e Dios) y el rey David (símbolo de la oración). Tras del bautista se representan cinco santos, d Elos que dos portan libros y uno de ellos por su juventud podría ser San Juan evangelista, lo que induce a pensar en la representación de una pequeña muestra del apostolado, entre los que llama la atención la ausencia De San Pedro, a quien se pinta en la parte exterior de la bóveda.
En el lado izquierdo de Cristo el protagonismo es para San Francisco de Asís, que precede a diversos santos y santas que representan a las Órdenes religiosas, pero la mayoría sin atributos que les identifiquen. San Francisco viste un hábito marrón y en su cordón se muestran tres nudos, como símbolo de los votos religiosos de pobreza, caridad y obediencia, ademas tiene una cruz a sus pies y en sus manos muestra los estigmas de la Pasión.
El centro de la zona baja de la bóveda absidial está dedicado al arcángel San Miguel, representado en ele eje en el que están las personas de la Trinidad y de mayor tamaño que el resto de figuras. el j0ven santo arcángel está representado en el centro del purgatorio dirigiendo su mirada hacia la Virgen Maria intercediendo por un alma de la que queda su ángel de la guarda, mientras que otras personas esperan su turno envueltas en llamas.
En los dos extremos inferiores se representan varios personajes, en oración o predicación. Entre ellos se mezclan personas concretas y relevantes que no han sido canonizados, junto a otras que tendrían un papel más genérico. La presencia cierta de los padres Chevalier y Versus pintados bajo la figura del Bautista. El padre Chevalier adquiere un lógico protagonismo como fundador de la Congregación de los Misionero del Sagrado Corazón y es el único de los representados que levanta el brazo como si quisiera mostrarnos su doctrina que, en buena medida, es la que se plasma en el conjunto iconográfico del ábside. a su lado y algo por detrás, la presencia del padre Versus corrobora el sentido misional de la congregación. El papa pintado en el potro extremo el Pio IX.
Entre los grupos de figuras de los extremos y la zona central en la que se muestra el purgatorio, aparecen diversas escenas que tienen un nexo común: la misericordia personificada por cuatro figuras (un monje, una seglar, una monja y un sacerdote) que ayudan a bien morir, y por cuatro moribundos (un hombre de armas, un niño, un anciano y unos indígenas africanos) que están en su brazo.
De ese modo, una visión global de la bóveda absidial resumiría una parte importante de la espiritualidad del padre Chevalier, basada en el amor misericordioso De Dios hacia los hombres, plasmado en su Sagrado Corazón, que no podría desatender la intermediación de su Madre, Nuestra Señora del Sagrado Corazón, a quien el arcángel San Miguel presentaría las almas de los pecadores arrepentidos, que previamente y en vida habrían sido misional y misericordiosamente atendidos y por quienes oraría una multitud de gente piadosa.
